১৩নং ভবানীপুর ইউনিয়ন প্রায় সমতল ও অল্প পরিমান অসমতল ভুমি নিয়ে গঠিত। এটি ফুলবাড়ীয়া উপজেলা হতে প্রায় ১২ কিলোমিটার দক্ষিন পার্শ্বে অবস্থিত। ১৩নং ভবানীপুর ইউনিয়নের উত্তর পার্শ্বে ১২নং আছিম পাটুলী ইউনিয়ন, দক্ষিনে ভালুকা উপজেলার উথুরা ইউনিয়ন , পূর্বে ত্রিশাল উপজেলার সানকীভাঙ্গা ইউনিয়ন, এবং পশ্চিমে ফুলবাড়ীয়া উপজেলার ০৯ এনায়েতপুর ইউনিয়ন অবস্থিত।